この現象は、WindowsXP環境下での Excel入力時のみ発生します。
RStokeyとしては正常な出力動作をしておりますが、MS Office系 の特殊な処理に起因して、Excel側でデータ取りこぼし等が発生しているものと考えられ、RStokeyではどうすることもできない内容です。

RStokey にて 次の設定を行うことで回避（改善）できる場合がありますので、一度 お試しください。

　◆ 文字単位の出力間隔（時間）を「長い」方へ調整してください。

また、その他 運用上での回避方法としては、次の内容をご検討ください。

　１） 起動後、Shiftキーを数回押した後、入力を行なってください。
　２） Excel を起動後、最小化、その後最大化してから入力を行ってください。